Lothar reunió los restos de los ejércitos de Azeroth tras su derrota en el Castillo de Ventormenta y luego puso en marcha un éxodo masivo por mar hacia el norteño reino de Lordaeron. Convencido de que si no se controlaba a la Horda, derrotaría a toda la humanidad, los líderes de las siete naciones humanas se reunieron y acordaron unir esfuerzos en lo que se conocería como la Alianza de Lordaeron.

Por primera vez en prácticamente tres mil años, las naciones separadas de Arathor estaban unidas una vez más bajo un estandarte común. Nombrado Comandante Mayor de las Fuerzas Aliadas, Lord Lothar preparó a sus ejércitos para hacer frente a la llegada de la Horda.

Ayudado por sus lugartenientes, Uther el Luminoso, el almirante Daelin Valiente y Turalyon, Lothar fue capaz de convencer a las razas semihumanas de Lordaeron de la inminente amenaza. La Alianza obtuvo el apoyo de los estoicos enanos de Forjaz y de un pequeño número de elfos nobles de Quel'Thalas.

Los elfos, dirigidos en aquel tiempo por Anasterian Caminante del Sol, no estaban interesados en modo alguno en el conflicto que se aproximaba. Sin embargo, estaban dispuestos a ayudar a Lothar, ya que se trataba del último descendiente de la línea de sangre arathi, que había ayudado a los elfos en el pasado.

La Horda, ahora dirigida por el Jefe de Guerra Martillo Maldito, trajo ogros procedentes de su hogar de Draenor y reclutó trols procedentes del bosque de Amani. Comprometidos en una campaña masiva para borrar el reino enano de Khaz Modan y los límites sureños de Lordaeron, la Horda diezmó casi sin esfuerzo cualquier clase de oposición.

Las épicas batallas de la Segunda Guerra incluyeron desde escaramuzas navales a gran escala hasta ataques aéreos masivos. De alguna manera, la Horda logró desenterrar un poderoso artefacto conocido como Alma demoníaca y lo utilizó para esclavizar a Alexstrasza, antigua reina de los dragones. Amenazando destruir sus preciosos huevos, la Horda obligó a Alexstrasza a enviar a sus hijos mayores a la guerra. Los nobles dragones rojos fueron obligados a luchar para la Horda y eso es lo que hicieron.

La guerra rugió a través de los continentes de Khaz Modan, Lordaeron y el propio Azeroth. Como parte de su campaña en el norte, la Horda consiguió incendiar las tierras fronterizas de Quel'Thalas y, de esta manera, se aseguraron el compromiso final de los elfos con la causa de la Alianza. Las ciudades y los pueblos más grandes de Lordaeron quedaron destruidos y devastados por el conflicto. A pesar de la ausencia de refuerzos y de que todas las probabilidades estaban en contra, Lothar y sus aliados lograron mantener a sus enemigos a raya.

Sin embargo, durante los días finales de la Segunda Guerra, cuando la victoria de la Horda parecía casi garantizada, una terrible contienda surgió entre los dos orcos más poderosos de Azeroth. Cuando Martillo Maldito preparaba su asalto final a la ciudad capital de Lordaeron, un asalto que habría de destruir las últimas reservas de la Alianza, Gul'dan y sus seguidores abandonaron sus puestos y marcharon hacia el mar.

El perplejo Martillo Maldito, habiendo perdido prácticamente la mitad de sus fuerzas a causa de la traición de Gul'dan, se vio obligado a retroceder y a olvidar la posibilidad de obtener la mayor victoria contra la Alianza.

Gul'dan, hambriento de poder y obsesionado con convertirse en un dios, se lanzó a una carrera desesperada para llegar hasta la tumba sumergida de Sargeras, que creía guardaba los secretos de un gran poder. Habiendo condenado a sus compañeros orcos a convertirse en esclavos de la Legión Ardiente, Gul'dan consideraba que no le debía nada a Martillo Maldito.

Con el apoyo de los clanes Cazatormentas y Martillo Crepuscular, Gul'dan logró extraer la tumba de Sargeras del lecho marino. Sin embargo, cuando abrió la antigua e inundada bóveda, solo halló demonios enloquecidos que lo aguardaban.

Con la intención de castigar a los díscolos orcos por su costosa traición, Martillo Maldito envió sus fuerzas para acabar con Gul'dan y traer a los renegados de vuelta al redil. Por su imprudencia, Gul'dan fue destrozado por los demonios enloquecidos que había liberado. Con su líder muerto, los clanes renegados cayeron rápidamente ante las enfurecidas legiones de Martillo Maldito.

Aunque la rebelión había sido aplastada, la Horda fue incapaz de recuperarse de las terribles pérdidas que había sufrido. La traición de Gul'dan había permitido que la Alianza no solo renovara sus esperanzas, sino que le había concedido tiempo para reagruparse y contraatacar.

Lothar, viendo que la Horda estaba fracturada desde dentro, reunió al resto de sus fuerzas y empujó a Martillo Maldito hacia el sur, obligándole a internarse en el destruido corazón de Ventormenta. Allí, las fuerzas de la Alianza atraparon a la Horda en retirada, dentro de la fortaleza volcánica Cumbre de Roca Negra. Aunque Lord Lothar cayó en la batalla en la base de la cumbre, su lugarteniente Turalyon volvió a reunir a las fuerzas de la Alianza en la hora undécima y empujó nuevamente a la Horda hacia el abismo del Pantano de las Penas.

Las fuerzas de Turalyon lograron destruir el Portal Oscuro, la puerta mística que conectaba a los orcos con su hogar de Draenor. Sin posibilidades de obtener refuerzos y fracturada por las luchas internas, la Horda finalmente se derrumbó y terminó sucumbiendo al poder de la Alianza.

Los dispersos clanes orcos fueron rápidamente rodeados y conducidos a campos de internamiento vigilados. Aunque parecía que la Horda había sido derrotada para bien, algunos fueron muy escépticos acerca de la posibilidad de la paz. Khadgar, convertido en archimago de cierto renombre, persuadió al alto mando de la Alianza para que construyera la Fortaleza de Nethergarde, que vigilaría las ruinas del Portal Oscuro y garantizaría que no se produjeran futuras invasiones procedentes de Draenor.